Το έργο διαδραματίζεται στην αρχαία Αθήνα, ο κόσμος όμως που απεικονίζει είναι ένα σύνθετο κατασκεύασμα που δεν ανταποκρίνεται σε κάποια συγκεκριμένη ιστορική πραγματικότητα: παράλληλα με τις αρχαιοελληνικές αναφορές, εμφανίζονται αναχρονισμοί και πολλά στοιχεία του δυτικού κόσμου, όπως η κονταρομαχία. Η υπόθεση χωρίζεται σε πέντε τμήματα και είναι συνοπτικά η εξής:
Α. Ο βασιλιάς της Αθήνας Ηράκλης και η σύζυγός του αποκτούν μετά από πολλά χρόνια γάμου μια κόρη, την Αρετούσα. Τη βασιλοπούλα ερωτεύεται ο γιος του πιστού συμβούλου του βασιλιά, Ερωτόκριτος. Επειδή δεν μπορεί να φανερώσει τον έρωτά του, πηγαίνει κάτω από το παράθυρό της τα βράδια και της τραγουδά. Η κοπέλα σταδιακά ερωτεύεται τον άγνωστο τραγουδιστή. Ο Ηράκλης, όταν μαθαίνει για τον τραγουδιστή, του στήνει ενέδρα για να τον συλλάβει, ο Ερωτόκριτος όμως μαζί με τον καλύτερό του φίλο σκοτώνει τους στρατιώτες του βασιλιά. Ο Ερωτόκριτος, καταλαβαίνοντας ότι ο έρωτάς του δεν μπορεί να έχει αίσια έκβαση, ταξιδεύει στη Χαλκίδα για να ξεχάσει. Στο διάστημα αυτό ο πατέρας του αρρωσταίνει και όταν η Αρετούσα τον επισκέπτεται, βρίσκει στο δωμάτιο του Ερωτόκριτου μια ζωγραφιά που την απεικονίζει και τους στίχους που της τραγουδούσε. Όταν εκείνος επιστρέφει, ανακαλύπτει την απουσία της ζωγραφιάς και των τραγουδιών και μαθαίνει ότι μόνο η Αρετούσα τους είχε επισκεφτεί. Επειδή καταλαβαίνει ότι αποκαλύφθηκε η ταυτότητά του και ότι μπορεί να κινδυνεύει, μένει στο σπίτι προσποιούμενος ασθένεια και η Αρετούσα του στέλνει για περαστικά ένα καλάθι με μήλα, ως ένδειξη ότι ανταποκρίνεται στα συναισθήματά του.
Β. Ο βασιλιάς οργανώνει κονταροχτύπημα για να διασκεδάσει την κόρη του. Παίρνουν μέρος πολλά αρχοντόπουλα από όλον τον γνωστό κόσμο και ο Ερωτόκριτος είναι ο νικητής.
Γ. Το ζευγάρι αρχίζει να συναντιέται κρυφά στο παράθυρο της Αρετούσας. Η κοπέλα παρακινεί τον Ερωτόκριτο να τη ζητήσει από τον πατέρα της. Όπως είναι φυσικό, ο βασιλιάς εξοργίζεται με το «θράσος» του νέου και τον εξορίζει. Ταυτόχρονα φτάνουν προξενιά για την Αρετούσα από το βασιλιά του Βυζαντίου. Η κοπέλα αμέσως αρραβωνιάζεται κρυφά με τον Ερωτόκριτο, πριν αυτός εγκαταλείψει την πόλη.
Δ. Η Αρετούσα αρνείται να δεχθεί το προξενιό και ο βασιλιάς τη φυλακίζει μαζί με την πιστή παραμάνα της. Έπειτα από τρία χρόνια, όταν οι Βλάχοι πολιορκούν την Αθήνα, εμφανίζεται ο Ερωτόκριτος μεταμφιεσμένος από μαγεία. Σε μια μάχη σώζει τη ζωή του βασιλιά και τραυματίζεται.
Ε. Ο βασιλιάς για να ευχαριστήσει τον τραυματισμένο ξένο του προσφέρει σύζυγο την κόρη του. Η Αρετούσα αρνείται και αυτόν τον γάμο και στη συζήτηση με τον μεταμφιεσμένο Ερωτόκριτο επιμένει στην άρνησή της. Ο Ερωτόκριτος την υποβάλλει σε δοκιμασίες για να επιβεβαιώσει την πίστη της και τελικά της αποκαλύπτεται αφού λύνει τα μαγικά που τον είχαν μεταμορφώσει. Ο βασιλιάς αποδέχεται το γάμο και συμφιλιώνεται με τον Ερωτόκριτο και τον πατέρα του και ο Ερωτόκριτος ανεβαίνει στο θρόνο της Αθήνας.